دسترسی به پایگاه داده ژنوم رت با سرور MCP REST API

دسترسی به پایگاه داده ژنوم رت از طریق سرور MCP REST API

این گردش کار دسترسی جامعی به پایگاه داده ژنوم رت (RGD) را از طریق یک REST API فراهم می‌کند و بیش از ۱۰۰ عملیات را در دسترس قرار می‌دهد. این گردش کار به عنوان یک سرور پردازشگر چند فرمانی (MCP) عمل می‌کند و امکان پرس‌وجو، ایجاد و غنی‌سازی انواع مختلف داده‌های ژنومی رت، از جمله ژن‌ها، حاشیه‌نویسی‌ها، فنوتیپ‌ها، مسیرها و موارد دیگر را فراهم می‌سازد.

دسته‌بندی‌ها: مهندسی، هوش مصنوعی RAG

کاتالوگ Axeto: https://axeto.ai/n8n

---

نمای کلی گردش کار

این گردش کار برای ارائه یک سرور REST API MCP قوی برای پایگاه داده ژنوم رت (RGD) طراحی شده است. این گردش کار از تریگر MCP برای مدیریت درخواست‌های ورودی استفاده می‌کند و آن‌ها را به نودهای httpRequestTool خاص هدایت می‌کند که هر کدام برای تعامل با نقاط پایانی مختلف API RGD پیکربندی شده‌اند. گردش کار به بلوک‌های منطقی تقسیم شده است که هر کدام مسئول دسته خاصی از داده‌ها یا عملیات RGD هستند.

گردش کار به شرح زیر ساختار یافته است:

1. تریگر ورودی: گردش کار را با گوش دادن به فراخوانی‌های MCP REST API ورودی مقداردهی اولیه می‌کند.

2. عملیات AGR: درخواست‌های مربوط به گزارش‌های ژن حاشیه‌نویسی (AGR) را مدیریت می‌کند.

3. عملیات حاشیه‌نویسی: از بازیابی و ایجاد داده‌های حاشیه‌نویسی پشتیبانی می‌کند.

4. عملیات غنی‌سازی: درخواست‌های تجزیه و تحلیل غنی‌سازی را پردازش می‌کند.

5. عملیات ژن: درخواست‌های داده‌های ژن، از جمله بازیابی و ایجاد را مدیریت می‌کند.

6. عملیات جستجو: عملیات مربوط به جداول جستجوی RGD را مدیریت می‌کند.

7. عملیات نقشه: پرس‌وجوهای داده‌های نقشه ژنومی را پردازش می‌کند.

8. عملیات آنتولوژی: اطلاعات آنتولوژی را بازیابی می‌کند.

9. عملیات مسیر: پرس‌وجوهای داده‌های مسیر بیولوژیکی را مدیریت می‌کند.

10. عملیات فنوتیپ: بازیابی داده‌های فنوتیپ را مدیریت می‌کند.

11. عملیات QTL: پرس‌وجوهای داده‌های مکان‌های ژنی کمی (QTL) را پردازش می‌کند.

12. عملیات SSLP: داده‌های مربوط به پلی‌مورفیسم‌های طول توالی ساده (SSLP) را بازیابی می‌کند.

13. عملیات آمار: داده‌های آماری مربوط به اصطلاحات و سایر موجودیت‌ها را واکشی می‌کند.

14. عملیات سویه: بازیابی اطلاعات سویه رت را مدیریت می‌کند.

هر بلوک عمدتاً از نودهای httpRequestTool تشکیل شده است و نودهای stickyNote برای مستندسازی درون‌خطی و دستورالعمل‌های راه‌اندازی استفاده می‌شوند.

---

تحلیل جزئیات بلوک‌ها

۱. تریگر ورودی

• هدف: این بلوک به عنوان نقطه ورود گردش کار عمل می‌کند و درخواست‌های ورودی REST API را از طریق تریگر MCP دریافت می‌کند. این دستورات را به نودهای httpRequestTool پایین‌دستی مناسب ارسال می‌کند.
• نودها:

* Rat Genome Database REST MCP Server (تریگر MCP)

* Sticky Note (دستورالعمل‌های راه‌اندازی)

* Sticky Note (مرور کلی گردش کار)

• جزئیات نود:

* Rat Genome Database REST MCP Server

* نوع: @n8n/n8n-nodes-langchain.mcpTrigger

* نقش: دریافت و پردازش دستورات MCP از طریق REST API ورودی.

* پیکربندی: با شناسه وِب‌هوک پیکربندی شده است: aec0aa24-23f3-4493-a648-4c2e55658335.

* اتصالات: خروجی به تمام نودهای httpRequestTool بعدی.

* مشکلات احتمالی: در دسترس بودن وِب‌هوک، پیکربندی‌های امنیتی خارجی، یا فرمت‌های نامعتبر دستور MCP.

* Sticky Notes: دستورالعمل‌های ضروری راه‌اندازی و مروری بر عملکرد گردش کار را ارائه می‌دهند.

---

۲. عملیات AGR

• هدف: این بلوک تماس‌های API مربوط به گزارش‌های ژن حاشیه‌نویسی (AGR) را مدیریت می‌کند و امکان بازیابی داده‌ها را از نقاط پایانی خاص AGR فراهم می‌آورد.
• نودها:

* Get Agr 6 تا Get Agr 11 (چندین نود httpRequestTool)

* Description - AGR (Sticky Note)

• جزئیات نود:

* Get Agr 6 تا Get Agr 11

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: پرس‌وجو از نقاط پایانی خاص AGR از طریق RGD REST API.

* پیکربندی: هر نود برای هدف قرار دادن یک نقطه پایانی API مجزا در AGR پیکربندی شده است. پارامترها احتمالاً بر اساس دستور MCP ورودی به صورت پویا تنظیم می‌شوند.

* ورودی: جزئیات دستور را از تریگر MCP دریافت می‌کند.

* خروجی: داده‌های دریافت شده از نقاط پایانی AGR در RGD را برمی‌گرداند.

* مشکلات احتمالی: خطاهای استاندارد HTTP (4xx, 5xx)، مهلت زمانی شبکه، یا پارامترهای نامعتبر.

* Description - AGR: اطلاعات زمینه‌ای در مورد عملیات AGR ارائه می‌دهد.

---

۳. عملیات حاشیه‌نویسی

• هدف: این بخش بازیابی و ایجاد رکوردهای حاشیه‌نویسی را در پایگاه داده RGD مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Create Annotation 1 (httpRequestTool)

* Get Annotation 9 تا Get Annotation 17 (چندین نود httpRequestTool)

* Sticky Note2

* Sticky Note (توضیحات)

• جزئیات نود:

* Create Annotation 1

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: اجرای درخواست‌های POST یا PUT برای ایجاد ورودی‌های حاشیه‌نویسی جدید.

* پیکربندی: شامل الگوهای بدنه درخواست و پارامترهایی برای ایجاد حاشیه‌نویسی.

* مشکلات احتمالی: خطاهای اعتبارسنجی داده، شکست احراز هویت، یا مشکلات اتصال شبکه.

* Get Annotation 9 تا Get Annotation 17

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی داده‌های مختلف حاشیه‌نویسی با استفاده از درخواست‌های GET به نقاط پایانی API مختلف.

* پیکربندی: هر نود نقاط پایانی API حاشیه‌نویسی خاصی را هدف قرار می‌دهد، با پارامترهایی که به طور بالقوه از دستورات MCP مشتق شده‌اند.

* مشکلات احتمالی: داده‌های گمشده، خطاهای HTTP، یا مهلت زمانی.

* Sticky Notes: راهنمایی و توضیحات مربوط به عملیات مرتبط با حاشیه‌نویسی را ارائه می‌دهند.

---

۴. عملیات غنی‌سازی

• هدف: این بلوک درخواست‌های مربوط به خدمات تجزیه و تحلیل غنی‌سازی RGD را مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Create Enrichment 2 (httpRequestTool)

* Create Enrichment 3 (httpRequestTool)

* Description - enrichment-web-service (Sticky Note)

* Sticky Note3

• جزئیات نود:

* Create Enrichment 2 & Create Enrichment 3

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: ارسال درخواست به خدمات وب غنی‌سازی برای ایجاد یا پرس‌وجوی تجزیه و تحلیل.

* پیکربندی: با URLهای API، متدهای HTTP و payloadهای داده مناسب پیکربندی شده است.

* مشکلات احتمالی: عدم دسترسی سرویس یا داده‌های ورودی نامعتبر.

* Sticky Notes: زمینه و دستورالعمل‌هایی را برای استفاده از خدمات وب غنی‌سازی ارائه می‌دهند.

---

۵. عملیات ژن

• هدف: این بخش طیف گسترده‌ای از عملیات API مرتبط با ژن، از جمله بازیابی و ایجاد داده‌ها را مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Get Gene 14 تا Get Gene 27 (چندین نود httpRequestTool)

* Create Gene 2 (httpRequestTool)

* Create Gene 3 (httpRequestTool)

* Sticky Note5

• جزئیات نود:

* Get Gene 14 تا Get Gene 27

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی داده‌های متنوع ژن از نقاط پایانی مختلف RGD.

* پیکربندی: هر نود احتمالاً برای فراخوانی یک نقطه پایانی API متفاوت مرتبط با ژن یا نوع پرس‌وجو پیکربندی شده است.

* مشکلات احتمالی: یافت نشدن داده، درخواست‌های نامعتبر، یا محدودیت نرخ API.

* Create Gene 2 & Create Gene 3

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: ایجاد یا به‌روزرسانی رکوردهای ژن در پایگاه داده RGD.

* پیکربندی: از درخواست‌های HTTP POST یا PUT با payloadهای داده ژن استفاده می‌کند.

* مشکلات احتمالی: شکست اعتبارسنجی ورودی، مشکلات احراز هویت، یا خطاهای شبکه.

* Sticky Note5: یادداشت‌ها یا هشدارهای اضافی مربوط به عملیات ژن را ارائه می‌دهد.

---

۶. عملیات جستجو

• هدف: عملیات مربوط به جداول جستجو (lookup tables) RGD را تسهیل می‌کند، که اغلب برای داده‌های فراداده و مرجع استفاده می‌شوند.
• نودها:

* Get Lookup 14 تا Get Lookup 27 (چندین نود httpRequestTool)

* Create Lookup 10 تا Create Lookup 19 (چندین نود httpRequestTool)

* Sticky Note6

• جزئیات نود:

* Get Lookup 14 تا Get Lookup 27

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی ورودی‌ها از جداول جستجو.

* پیکربندی: با درخواست‌های GET REST به نقاط پایانی مختلف جستجو پیکربندی شده است.

* مشکلات احتمالی: ورودی‌های گمشده یا خطاهای HTTP.

* Create Lookup 10 تا Create Lookup 19

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: ایجاد یا به‌روزرسانی ورودی‌ها در جداول جستجو.

* پیکربندی: از درخواست‌های POST/PUT با payloadهای داده استفاده می‌کند.

* مشکلات احتمالی: خطاهای اعتبارسنجی یا مشکلات ورودی تکراری.

* Sticky Note6: حاوی مستندات خاص عملیات جستجو است.

---

۷. عملیات نقشه

• هدف: بازیابی داده‌های مربوط به نقشه‌های ژنومی را از RGD مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Get Map 3 تا Get Map 5 (چندین نود httpRequestTool)

* Sticky Note7

* Description - Map (Sticky Note)

• جزئیات نود:

* Get Map 3 تا Get Map 5

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: پرس‌وجو از نقاط پایانی داده‌های نقشه ژنومی.

* پیکربندی: هر نود به یک نقطه پایانی API خاص داده نقشه اختصاص داده شده است.

* مشکلات احتمالی: عدم دسترسی به نقطه پایانی یا پارامترهای نادرست.

* Sticky Notes: توضیحات و راهنمایی‌هایی در مورد استفاده از داده‌های نقشه ارائه می‌دهند.

---

۸. عملیات آنتولوژی

• هدف: بازیابی داده‌های آنتولوژی مربوط به ژنومیک رَت را از RGD انجام می‌دهد.
• نودها:

* Get Ontology 3 تا Get Ontology 5 (چندین نود httpRequestTool)

* Description - Ontology (Sticky Note)

* Sticky Note8

• جزئیات نود:

* Get Ontology 3 تا Get Ontology 5

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی اصطلاحات آنتولوژی و اطلاعات مرتبط.

* مشکلات احتمالی: اصطلاحات منسوخ یا خطاهای HTTP.

* Sticky Notes: زمینه و استفاده از داده‌های آنتولوژی را توضیح می‌دهند.

---

۹. عملیات مسیر

• هدف: بازیابی داده‌های مسیر بیولوژیکی را از RGD مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Get Pathway 2 (httpRequestTool)

* Get Pathway 3 (httpRequestTool)

* Sticky Note9

• جزئیات نود:

* Get Pathway 2 & Get Pathway 3

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: پرس‌وجو از نقاط پایانی مسیر برای بازیابی اطلاعات مسیر بیولوژیکی.

* مشکلات احتمالی: مشکلات اتصال شبکه یا پارامترهای پرس‌وجوی نامعتبر.

* Sticky Note9: مستنداتی را برای عملیات مسیر ارائه می‌دهد.

---

۱۰. عملیات فنوتیپ

• هدف: بازیابی داده‌های فنوتیپ کمی مربوط به ژنتیک رَت را انجام می‌دهد.
• نودها:

* Get Phenotype 2 (httpRequestTool)

* Get Phenotype 3 (httpRequestTool)

* Description - Quantitative Phenotype (Sticky Note)

* Sticky Note10

• جزئیات نود:

* Get Phenotype 2 & Get Phenotype 3

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی داده‌های فنوتیپ کمی از RGD.

* مشکلات احتمالی: عدم دسترسی به داده‌ها.

* Sticky Notes: اهمیت و استفاده از داده‌های فنوتیپ را توصیف می‌کنند.

---

۱۱. عملیات QTL

• هدف: درخواست‌های داده‌های مکان ژنی کمی (QTL) را از RGD مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Get Qtl 3 تا Get Qtl 5 (چندین نود httpRequestTool)

* Sticky Note11

• جزئیات نود:

* Get Qtl 3 تا Get Qtl 5

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی داده‌های QTL از طریق RGD REST API.

* مشکلات احتمالی: داده‌های گمشده یا خطاهای HTTP.

* Sticky Note11: حاوی اطلاعات اضافی مربوط به عملیات QTL است.

---

۱۲. عملیات SSLP

• هدف: بازیابی داده‌های مربوط به چندشکلی طول توالی ساده (SSLP) را از RGD انجام می‌دهد.
• نودها:

* Get Sslp 1 (httpRequestTool)

* Description - SSLP (Sticky Note)

* Sticky Note12

• جزئیات نود:

* Get Sslp 1

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: پرس‌وجو از نقطه پایانی داده‌های SSLP.

* مشکلات احتمالی: خطاهای شبکه یا مشکلات بازیابی داده.

* Sticky Notes: زمینه و اطلاعات مربوط به داده‌های SSLP را ارائه می‌دهند.

---

۱۳. عملیات آمار

• هدف: بازیابی اطلاعات آماری مربوط به اصطلاحات و سایر داده‌های ژنومی در RGD را مدیریت می‌کند.
• نودها:

* Get Stat 24 تا Get Stat 47 (چندین نود httpRequestTool)

* Get Term Stats 1 (httpRequestTool)

* Description - Statistics (Sticky Note)

* Sticky Note13

• جزئیات نود:

* Get Stat 24 تا Get Stat 47, Get Term Stats 1

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: بازیابی نقاط داده آماری مختلف از RGD.

* مشکلات احتمالی: مدیریت حجم زیاد داده، مهلت زمانی، یا خطاهای HTTP.

* Sticky Notes: ماهیت و استفاده از داده‌های آماری را توضیح می‌دهند.

---

۱۴. عملیات سویه

• هدف: بازیابی اطلاعات مربوط به سویه‌های رَت را از پایگاه داده RGD انجام می‌دهد.
• نودها:

* Get Strains 1 (httpRequestTool)

* Get Strain 2 (httpRequestTool)

* Get Strain 3 (httpRequestTool)

* Sticky Note14

• جزئیات نود:

* Get Strains 1 تا Get Strain 3

* نوع: n8n-nodes-base.httpRequestTool

* نقش: پرس‌وجو از نقاط پایانی داده‌های سویه در RGD.

* مشکلات احتمالی: داده‌های سویه گمشده یا خطاهای HTTP.

* Sticky Note14: اطلاعات خاص مربوط به بازیابی داده‌های سویه را ارائه می‌دهد.

---

جدول خلاصه